Auf der Mitgliederversammlung am 20. November 2023 wählten die Mitglieder des Verbandes das Präsidium für die Wahlperiode 2023-2027.
Das Präsidium der eaf wird von der Mitgliederversammlung für einen Zeitraum von vier Jahren gewählt. Es besteht aus einer Präsidentin oder einem Präsidenten, einer Vizepräsidentin und einem Vizepräsidenten, bis zu vier Beisitzer:innen und einem delegierten Mitglied der Bundeskonferenz. Nicht stimmberechtigte Mitglieder des Präsidiums sind jeweils ein delegiertes Mitglied aus dem Kirchenamt der EKD und der Diakonie Deutschland.
Das Präsidium hat die Dienst- und Fachaufsicht über die Bundesgeschäftsstelle der eaf inne und entscheidet über politische Ausrichtung und Vorhaben der eaf. Außerdem beruft es die Mitglieder der Beiräte und setzt Projektgruppen ein.
Die Mitglieder des Präsidiums arbeiten ehrenamtlich.