Die in der eaf zusammengeschlossenen Verbände, Organisationen und Landesarbeitskreise kommen auf der Mitgliederversammlung zusammen. Sie berät über grundsätzliche Fragen der Verbandspolitik und beschließt den Haushalt.

Das Präsidium der eaf wird von der Mitgliederversammlung für einen Zeitraum von vier Jahren gewählt. Es besteht aus der Präsidentin oder dem Präsidenten, der Vizepräsidentin und dem Vizepräsidenten, Beisitzern und Beisitzerinnen. Nicht stimmberechtigte Mitglieder des Präsidiums sind die Ehrenpräsidentin sowie jeweils ein delegiertes Mitglied aus dem Kirchenamt der EKD und dem Diakonischen Werk der EKD.
Das Präsidium hat die Dienst- und Fachaufsicht über die Bundesgeschäftsstelle der eaf inne und entscheidet über politische Ausrichtung und Vorhaben der eaf. Außerdem beruft es die Mitglieder der Beiräte und setzt Projektgruppen ein.

Auf der jährlichen Landesgeschäftsführendenkonferenz begegnen sich die Geschäftsführenden der Landesarbeitskreise bzw. Landesverbände der eaf, um sich zu aktuellen Themen auszutauschen und Synergien für ihre Arbeit zu nutzen.

Auf dem Fachverbände-Tag treffen sich Geschäftsführende der Mitgliedsverbände der eaf zu einem Fachgespräch in Berlin, um sich zu aktuellen Themen auszutauschen und Synergien für ihre Arbeit zu nutzen.